ಬನಶಂಕರಿ ದೇವಸ್ಥಾನದ ಸ್ಥಳವು ದೇವಸ್ಥಾನ ಸಮಿತಿ ಮತ್ತು ಕೇಂದ್ರ ಉಪಾಧ್ಯಾಯರ ಸಂಘಗಳ ನಡುವೆ ವಿವಾದದ ಬಿಂದುವಾಗಿ ಮಾರ್ಪಟ್ಟಿದೆ. ಏಕೆಂದರೆ ಇಬ್ಬರೂ ಆಸ್ತಿಯ ಮೇಲೆ ಹಕ್ಕು ಸಾಧಿಸುತ್ತಿದ್ದಾರೆ.